Muzeja misija: atspoguļot un popularizēt dzejnieka Ausekļa dzīvi un daiļradi un atklāt tās nozīmību mūsdienu sabiedrībā, kā arī sadarbībā ar vietējiem iedzīvotājiem apzināt un popularizēt Alojas un tās apkārtnes vēsturi un ar teritoriju saistītās kultūrvēsturiskās vērtības no vissenākajiem laikiem līdz mūsdienām, lai izglītotu sabiedrību un rosinātu apzināties sava novada un dzimtas vēsturi, kā arī novērtēt savas tautas kultūras bagātības.
Alojas muzejs dibināts 2001. gada 1. janvārī. Kopš 2011. gada jūnija tā ir Alojas novada pašvaldības iestāde, taču muzejam Alojā ir sava priekšvēsture.
Alojas novada vēstures izpētē un dzejnieka Ausekļa piemiņas saglabāšanā lieli nopelni ir skolotājam un novadpētniekam Kārlim Antonam Galeviusam. Skolotājs uzskatīja, ka „novadpētniecība ir kā zelta laipa, kas pārmesta dzimtajam novadam.Pa to staigājot , pētnieks un tā sekotāji gūst vislielāko apmierinājumu, savācot vienkopus visu, kam novadā ir paliekoša vērtība un nozīme”. Uz viņa sakrāto materiālu kopuma balstās zināšanas par novada seno vēsturi. Plašs ir viņa savākto sadzīves priekšmetu un darbarīku klāsts. 1957.gadā K.A.Galeviuss savā ģimenes mājā Alojā, Jūras ielā 33, ierīkoja novadpētniecības muzeju ar dabas, vēstures, etnogrāfijas un ekonomikas nodaļām. A.K. Galeviusa muzeju atzinīgi novērtēja Latvijas Zinātņu akadēmija. Muzejam Galeviusa dzīvē bija liela nozīme. Par to var lasīt viņa piezīmēs: „Muzejā es dzīvoju. Bez muzeja manai dzīvei nebūtu īsta satura. Mana laime ir tā, ka esmu atradis ceļu, kā pilnveidot sevi , vienmēr dziļāk apgūt intelektuālas un estētiskas atziņas un , kā vest arī savus līdzcilvēkus pa šo ceļu. Muzejā es mācos un kļūstu pilnīgāks ”. Saskaņā ar A. K. Galeviusa testamentu, muzeja inventārs tika novēlēts Alojas ciemata darbaļaužu deputātu padomei un muzejam bija jāpaliek Alojā.
1978. gada 20. maijā dzejnieka Ausekļa dzimtajās mājās „ Sīpolos” atklāja Alojas Ausekļa muzeju, kas bija jaukts literatūras, vēstures un novadpētniecības muzejs un atradās p/s „Aloja” pārziņā. Muzejā bija 5 zāles. No tām trīs bija atvēlētas dzejnieka Ausekļa dzīves un darbības atspoguļošanai, viena – novadpētniecībai, kurā izvietoja skolotāja A.K. Galeviusa savāktos sadzīves priekšmetus, darbarīkus un informāciju, savukārt citā zālē bija apskatāma kolhozu dibināšanās un p/s „Aloja” veidošanās vēsture. Pirmais muzeja vadītājs bija skolotājs Arnolds Konstants. Muzejs darbību beidza 1995.gadā. A. K. Galeviusa savāktie priekšmeti un materiāli nonāca Limbažu novadpētniecības muzejā, jo no 1992. gada „Sīpolu” muzejs kļuva par Limbažu novadpētniecības muzeja filiāli.
1996. gada 8.martā notiek Alojas Ausekļa vidusskolas muzeja atvēršanas svētki. Muzeja izveidošanā tiek izmantoti skolas novadpētniecības pulciņa materiāli, kā arī daļa no A.K. Galeviusa kolekcijas priekšmetiem, kas atgriezās Alojā no Limbažu novadpētniecības muzeja.
Pašreiz muzejā tiek glabāta dzejnieka Ausekļa, virsdiriģenta Indriķa Zīles, novadpētnieka un skolotāja Antona Galeviusaun mākslinieka Arvīda Galeviusa piemiņa, kā arī vāktas, saglabātas un pētītas ar Alojas pilsētu un pagastu saistītas garīgās, materiālās un kultūras dzīves liecības, apzināti apkārtnes ievērojamākie cilvēki. Muzeja krājumā ir vairākas 19.-20.gs. priekšmetu kolekcijas:
- mājsaimniecības priekšmeti,
- amatnieku ( galdnieku, kurpnieku, audēju)darbarīki,
- lauksaimniecības( linapstrādes, zemkopības) darbarīki,
- porcelāna, fajansa un māla trauki,
- stikla un māla pudeles,
- tekstilijas,
- A.Galeviusa gleznas un grāmatu ilustrāciju oriģinālzīmējumi,
- mēbeles,
- fotogrāfijas.
Alojas muzejs tagad radis mājvietu Alojas Ausekļa vidusskolas telpās. Muzeja atklātā krājuma ekspozīcija ir izvietota vienā no vecākajām skolas ēkām, kas celta ap 1900.gadu un kalpojusi mācītājmuižas vajadzībām. Kādreiz ēkas 1.stāvā bija mācītājmuižas rentnieku dzīvokļi, bet 2.stāvā konformācijas zāle iesvētāmajiem.
